Ihren Ursprung hat die TTM in Indien. Vor mehr als 2500 Jahren lebte in Nordindien ein berühmter Arzt namens Jivaka Kumar Bhaccha (auch Shivago Kumarpaj geschrieben), ein Zeitgenosse und Freund des Siddharta Gautama und Arzt des Königs Bimbisara. Seine ärztlichen Ratschläge und Hilfestellungen erstreckten sich auch auf den späteren Buddha und seine Mönchsgemeinschaft. Kumarpaj wird in Texten aus dem 2. Jh. v. Chr. erwähnt und dort auch "Vater der Medizin" genannt. Zunächst waren es Mönche, die die TTM in Tempeln und Klosteranlagen praktizierten. Die Wurzeln der TTM liegen in der ayurvedischen Medizin. Schon vor der Zeit Shivago Kumarpajs wurden Leibesübungen von sogenannten rishis, die als Asketen zurückgezogen in den Wäldern lebten, entwickelt, um die körperlichen Beschwerden langdauernder Meditation zu lindern. Die als "Yoga-Übungen" bekannten Massage-Stellungen zeigen heute die in Stein gehauenen Figuren im Wat-Pho-Tempel in Bangkok. Außer der Massage gehören auch Kräuterheilkunde und medizinische Dampfbäder zum Ayurveda-System, das heute ein fester Bestandteil der Traditionellen Thailändischen Medizin ist. Mit der Verbreitung des Hinayana-Buddhismus kam vermutlich auch die Yoga-Massage nach Thailand. Im Verlauf der Jahrhunderte kamen zu den indischen und ceylonischen auch chinesische Einflüsse hinzu. So finden sich in der TTM auch Elemente aus der Traditionellen Chinesischen Medizin (TCM) wie Akupressur, Energie-Linien-Behandlung und sanfte Gelenkmanipulation. Fest steht, dass das medizinische Wissen über Jahrhunderte von Lehrern zu Schülern mündlich überliefert wurde. Erst im 17. Jh. wurden medizinische Texte erwähnt, die auf Palm-Blättern in Pali-Sprache verfasst waren und verehrt wurden wie buddhistische Schriften. Leider sind diese Schriften heute nur noch in Bruchstücken vorhanden. Als bildliche Illustration dieser Texte dienen 60 Wandzeichnungen im Pavillon der Medizin im Wat-Pho-Tempel in Bangkok.

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